1967年，非洲。扎伊尔莫他巴河谷的雇佣军兵营中流行了一种奇怪的疾病，人员不断死亡。美国军医抽取了感染血样后，乘坐直升机离开。傍晚，另一架直升机飞来投下了巨型炸弹，整个兵营在一瞬间全被毁灭，只有惊恐的白脸猴在附近的树林中尖叫着……。
时间已经是90年代。美国传染病研究所上校军医山姆接到上司的比利将军的指示，与同事索尔少校一起前往非洲去扎伊尔考察一种奇怪的病毒。他们所见的景象十分凄惨，令人震惊。但幸而这种病毒不会通过空气传染，因此还容易加以控制。山姆在采集了病毒样本后离去。与此同时，一个名叫金宝的美国青年在发病村庄附近的树林中捕捉了一只小白脸猴，并准备把它带回国出售。
山姆将他采集到的病毒命名为“莫他巴山姆病毒”。但在作了报告之后，山姆却接到了停止调查的通知。原来，此次的病毒与1967年发现的病毒极为相似。而后者早已被用来制造生物武器。毫不知情的山姆被分派了新的工作。
这时金宝已经把他在扎伊尔捕到的猴子偷偷地带回了旧金山的香柏溪镇。由于猴子不合买主的要求，金宝只得找了片树林把它放了。但一种神秘的疾病却很快在香柏溪蔓延。得知此事后，山姆没有服从上级的命令去新的工作地点，而是和索尔一起驾机前往香柏溪镇。军队紧急出动封锁镇子，想要逃离者格杀勿论。比利运来了一批毒血清但却无济于事。山姆明白，这批血清实际上是生物武器的消灭药剂。政府为了保有生物武器的秘密而任由病毒在非洲肆虐。但现在传播于香柏溪镇的病毒已经发生了变异，原有的血清已毫无作用。唯一的方法就是找到病毒的原始携带者——那只小白脸猴。但在此时，华盛顿的参谋本部却已经作出了决定，投放空气燃烧弹将整个镇子和病毒一起毁灭。山姆和索尔想要找到那只猴子，制出新的抗病毒血清，以防止惨剧的发生。但他们的行动却招致了军方的追击。参谋部更谎称他是危险的逃亡病毒携带者，并通过电视对他们进行通缉。
山姆和索尔终于找到了那只猴子。他们持枪闯入了电视台，公布了事件的真相与此同时，得知这一消息的比利也在尽力拖延时间，以便山姆能够制造出新的抗体。经过紧张的工作，山姆终于制出了新的抗毒剂，效果令人满意。投弹行动终止了。山姆终于以其艰苦的斗争和坚强的意志解救了整个镇子的人们。
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